云南中医药大学建于1960年，是全国第二批建立的高等中医药院校。基础医学院是学校办学历史最长、规模较大的集教学和科研为一体的学院之一，内设6个职能办公室、11个教研室、5个教学实验中心，5个科研实验平台。学院经过60余年的学术积淀，优秀师资丰富、教学基础完善、重点学科优势突出、科研教学成果显著，为国家和社会培养了一大批中医功底深厚、学术经验丰富、临床技能高超的中医应用型高层次人才。
学院党委于2021年荣获云南省高校“一流党建”示范党组织称号。有1个支部荣获校级“先进基层党组织”称号、1个支部荣获校级“规范化建设示范党支部”称号、1个支部遴选为学校“双带头人”教师党支部书记工作室、1个支部遴选为学校培育创建“示范研究生党支部”。
学院师资力量雄厚，现有教职员工125人，其中专任教师117人，具有高级职称58人；有博士学位46人，硕士学位61人；有博士生导师4人，硕士生导师53人。拥有全国高等中医药学校教学名师、云岭教学名师1人，国家中医优才2人，云南省中医药领军人才1人、学科带头人2人，云南省教学名师3人、名师工作室3个，云南省兴滇英才支持计划名医1人、青年人才8人，云南省优青1人，云南省中青年学术和技术带头人2人、后备人才3人，云南省优秀教师3人、骨干教师11人，云南省名中医4人、优秀青年中医5人，云南师德标兵1人，云南省教学团队2个。
学院教学资源丰富，负责承办中西医临床医学本科专业，同时承担着全校中医学、中药学、针灸推拿学、康复学、护理学等20余个本科专业的中医基础课程群和西医基础课程群的理论及实验教学任务。学院有1项国家级虚拟仿真实验教学项目，7门省级精品课程、1门省级精品视频公开课、5门省级一流课程、3门省级研究生优质课程；1个云南省实验教学示范中心；参与主编、副主编、编委国家级规划教材90余部。荣获省级教学成果奖一等奖2项、二等奖3项。
学院科研实力雄厚，有4个省部级重点学科，1个省级重点实验室、4个院士专家工作站、1个云南省科技创新团队，1个兴滇英才团队，4个云南省高校重点实验室，荣获省部级科技成果奖6项。在研厅级以上科研项目共91项，其中国家级项目23项，省部级项目54项，厅局级项目14项，科研经费达2000余万元。
学院坚持以学科建设为龙头，不断加强内涵建设。负责牵头建设的中西医结合一级学科是国家中医药管理局“十二五”重点建设学科、云南省“十二五”优势特色建设学科，2016年入选云南省“十三五”一流学科A类高原学科。该学科于2000年获得中西医结合临床硕士学位授权，2003年获中西医结合基础硕士学位授权，2022年列入云南省立项建设博士学位授权点。学院还负责承担了中医学一级学科下中医基础理论、中医临床基础、中医医史文献、方剂学、中医诊断学等5个二级学科学位授权点的建设任务和硕士研究生培养工作。
学院积极创新实践育人途径，努力提升育人工作成效。近三年来本科生荣获中国“互联网+”大学生创新创业大赛、全国大学生基础医学创新研究大赛等多项国家级、省级比赛奖项；硕士研究生主持三十余项厅级科研项目，发表多篇高影响因子论文。多位硕士研究生通过“申请-审核制”进入国内知名高校继续读博深造。
“十四五”期间，基础医学院将以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，秉承“传岐黄薪火、扬医者仁心”的院训精神，全面落实立德树人根本任务，传承精华，守正创新，努力培养德智体美劳全面发展的社会主义建设者和接班人。
（以上数据截至2023年9月）